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        小鼠全基因組關聯研究(GWAS)芯片開發成功!

        2017-06-09 10:19:00
        生物谷
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        1972
        摘要:小鼠是實驗室研究最多的生物之一。小鼠的全基因組測序已經完成,基因組注釋和近種研究成果都十分豐富。由于小鼠的基因組大小、構成與人類很相似,因此它也是研究人類疾病很好的模式動物。通過大量小鼠實驗分析其遺傳多樣性特征會獲得大量的信息,這與人類全基因組關聯研究十分相似。但是,這方面的研究卻是一片空白?,F在Churchill的團隊通過高密度的基因芯片填補了這一空白。該芯片可以就近親系的各類小鼠基因型進行統計分析。

        小鼠是實驗室研究最多的生物之一。小鼠的全基因組測序已經完成,基因組注釋和近種研究成果都十分豐富。由于小鼠的基因組大小、構成與人類很相似,因此它也是研究人類疾病很好的模式動物。通過大量小鼠實驗分析其遺傳多樣性特征會獲得大量的信息,這與人類全基因組關聯研究十分相似。但是,這方面的研究卻是一片空白?,F在Churchill的團隊通過高密度的基因芯片填補了這一空白。該芯片可以就近親系的各類小鼠基因型進行統計分析。

        該基因芯片的主要發明人來自美國緬因州著名的杰克森實驗室。研究成果已發表于最新的Nature methods雜志。



        原文出處:


        Nature Methods 6, 663 - 666 (2009) Published online: 9 August 2009 | doi:10.1038/nmeth.1359

        A customized and versatile high-density genotyping array for the mouse

        Hyuna Yang1, Yueming Ding1, Lucie N Hutchins1, Jin Szatkiewicz1, Timothy A Bell2, Beverly J Paigen1, Joel H Graber1, Fernando Pardo-Manuel de Villena2 & Gary A Churchill1

        We designed a high-density mouse genotyping array containing 623,124 single-nucleotide polymorphisms that captures the known genetic variation present in the laboratory mouse. The array also contains 916,269 invariant genomic probes targeted to functional elements and regions known to harbor segmental duplications. The array opens the door to the characterization of genetic diversity, copy-number variation, allele-specific gene expression and DNA methylation, and will extend the successes of human genome-wide association studies to the mouse.


        1 The Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine, USA.

        2 Department of Genetics, University of North Carolina–Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina, USA.

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